chore: 删除无用测试文件与 ml-kem-r 痕迹

- 删除 top/TB 下已被 katK 参数化 TB 取代的增量开发 TB：
  tb_mlkem_kg_{2a,2c,2d,2e,2f,kat,katN}_xsim.v
- 删除依赖外部 ml-kem-r Rust 参考的向量生成 / 交叉校验脚本：
  gen_vectors.py / gen_encaps_vectors.py / gen_decaps_vectors.py /
  xcheck_mlkemr.py（KAT/golden 向量已提交，无需运行期依赖）
- 清理源码与文档注释中的 ml-kem-r / Rust 字样

保留的 5 个 TB（kg/enc/dec katK + hello_world + two_inst）即 run_tb.sh /
xsim_run.tcl 实际引用的全部。KeyGen KAT 与 hello_world 烟囱测试通过。

sync_rtl/top/mlkem_top.v

@@ -13,7 +13,7 @@
 //   ek = byteEncode12(t_hat[0..K-1]) || rho
 //   dk = byteEncode12(s_hat[0..K-1]) || ek || H(ek) || z
 //
-// Built incrementally and verified stage-by-stage against ml-kem-r golden
+// Built incrementally and verified stage-by-stage against reference golden
 // vectors (test_framework/modules/mlkem_keygen/golden) and NIST KAT.
 //
 // Uses independent (verified) leaf modules, each with its own keccak_core: